自社の従業員に作業を行ってもらうため、柔軟性ある対応が期待できます。
会社独自の取引や、組織体系にカスタマイズされた運営が可能となります。
ただし、カスタマイズができるほど専門能力の高い従業員は多くはないため、最初は専門家によるアドバイスを受けながら、少しずつカスタマイズしていくことになります。

このようなメリットを得られるのは、取引量や人員などの規模が大きい会社である必要があります。
また、柔軟な対応ができ、自ら業務改善が行えるほどの能力の高い従業員が必要となります。

多くの現金支出が必要です。
社員数が20名程度の会社で、従業員を2名雇うと、月給20万円程度の従業員でさえ、社会保険料や事務所スペース代、使用器具代などを考慮すれば、2人で年間800万円程度必要になります。
給与は現金支出ですから、現金として上記の金額を保有している必要があります。

コストが割高となる場合が多いです。
会社運営を任せる従業員へ支払う給料に見合った仕事をしてもらえればよいですが、給料の割に仕事量が少ないとコストが割高となります。
小さな会社では、会社運営の業務が大変とはいっても、毎日終日関わるほどは取引量などの規模からない場合、あまった時間が無駄なコストとなります。
また、1.5人の仕事量であったり、月のうち一時的に2人の仕事量になる場合などは、最大値の２人を雇用しなければならず、無駄なリソースが発生します。

担当従業員が退職し、業務が回らなくなるリスクがあります。
中小企業では、ある業務が一人の担当者にまかせっきりになっていることが良くあります。また、マニュアル化、標準化も行われないことが多いので、その担当者がいなくなったら、他の人ではまったく分からないということがあります。
このような場合に、引継ぎもままならず従業員が退職した場合には、業務が回らなくなるというリスクがあります。

会社設立時の運営業務のセットアップや、日々の日経常的な取引に対する対応は、専門的な知識が必要となります。
高い専門知識や能力を持った従業員は、なかなか雇うことができないため、結局は専門家のアドバイスを別途受ける必要があります。

専門家によるスピード、品質の高いサービスを受けることができます。
アウトソース業者は、その業務を専門に請け負っており、様々なケースを経験し、システム化、マニュアル化されていることが多いです。そのため、自社にとっては例外事項であっても、アウトソース業者にとっては通常業務であることが多く、スピード、品質は高いのが一般的です。

コストが低いです。
アウトソース業者は、当該業務に関して大量にサービスを行っているため、規模の利益により、コストダウンすることができます。
そのため、自社で従業員を雇用して業務を行うより、コストは低いです。
また、サービスを受けた分だけ支払えばよいこともコストダウンにつながります。
自社で従業員を雇用した場合は、当該業務がない暇な時期にも、給料を支払う必要があるため、業務の分量が少ないうちは不効率です。

柔軟性に制限があります。
アウトソース業者は、あくまでも外部の会社ですから、すべてについて自社の思い通りにカスタマイズすることは難しいです。
標準化によってコストダウンを行っているため、自社に完全にカスタマイズしたサービスを求めると、結局コストが高くつくことになります。